在杭州公司存在税务问题的情况下，仍然可以进行公司注销，但需要注意以下几点：

1. 解决税务问题：在进行注销前，必须解决公司存在的税务问题。如果有税款欠缴或税务违法行为，需要及时与税务部门沟通协商，缴清税款并履行相关法律责任。

2. 完善注销手续：在注销公司时，需要提交完整的注销申请材料，包括税务部门出具的税务清算证明。税务部门会对公司的税务情况进行审核，并出具相应证明。

3. 遵守法律规定：注销公司时，必须遵守相关法律法规，如按程序进行公告、清理债务、办理清算等。未经税务部门审核同意的情况下擅自注销公司可能会导致法律纠纷。

因此，在注销公司前，应先解决税务问题，并按照规定程序办理注销手续，确保合法、规范地结束公司运营。如有困难，建议咨询专业律师或税务师进行指导和协助。